Publié au Journal officiel du 30 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie en profondeur les règles applicables aux congés pour raison de santé dans les trois versants de la fonction publique. Il poursuit un double objectif : rapprocher certaines règles du régime général de la sécurité sociale et renforcer le contrôle des arrêts de travail, tout en faisant évoluer le régime du temps partiel thérapeutique.
Pour les collectivités territoriales, ce texte implique une adaptation des procédures internes de gestion des congés de maladie, des contrôles administratifs et des demandes de temps partiel thérapeutique.
Depuis le 1er septembre 2026, de nouvelles dispositions entrent en vigueur concernant les arrêts de travail pour raisons de santé, dont notamment :
- L’utilisation obligatoire d'un certificat d'arrêt de travail sécurisé, y compris pour l’octroi ou le renouvellement d’un Congé de Longue Maladie (CLM) ou de Longue Durée (CLD), mais aussi pour l’octroi du Congé pour Invalidité Temporaire Imputable au Service (CITIS) en cas d’incapacité temporaire de travail.
- L’encadrement de la durée des arrêts et des prolongations: 31 jours pour une première prescription, puis 62 jours pour une prolongation.
Les médecins pourront toutefois déroger à ces limites à condition de justifier, sur leur prescription, d’une durée d’arrêt plus longue au regard de la situation du patient et, le cas échéant, des recommandations de la Haute Autorité de Santé.
Il est à noter qu’en cas de prolongation de l’avis initial d’arrêt de travail, le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur de l’arrêt initial (saufs exceptions).
Retrouvez nos fiches pratiques par types de congés pour raison de santé :
